Η χλωροφύλλη που περιέχεται στην σπιρουλίνα βοηθά στην απολύμανση του πεπτικού συστήματος με την αποτοξίνωση
και τον καθαρισμό του εντέρου.
Επιπλέον η χλωροφύλλη βοηθά στην επικάλυψη του ευερέθιστου βλεννογόνου του στομάχου απαλλάσοντας έτσι
συμπτώματα γαστρικού έλκους και αποτρέπει την εξέλκωση.
Επίσης λειτουργεί ως τροφή για τα ευεργετικά εντερικά βακτήρια ειδικά τα lactobacillus και τα bifidus.
Με τη διατήρηση ενός υγιούς πληθυσμού αυτών των βακτηρίων ,η σπιρουλίνα μειώνει προβλήματα πέψης και δυσκοιλι'οτητας,που προκαλούνται από παθογόνους οργανισμούς όπως η e coli και η candida.